受信したフローの形式に問題が有る可能性が考えられます。

通常は各フローにはバイト数の情報を持つフィールドが1つ、パケット数の情報を持つフィールドが1つ設定されるべきですが、各フローのバイト数とパケット数の情報を持つフィールドが2つずつ設定されている場合、トラフィック量が正しく表示されない可能性が有ります。

NetFlow v9のバイト数とパケット数のフィールドには4バイト長または8バイト長の2つの「Input Length」のフォーマットがあり、いずれかを設定します。
Flowmonコレクタは両方の値が設定されている場合、8バイト長の方のみを使用しますが、8バイト長のフィールドに正しくない値が含まれていると想定外の値が表示されます。

tcpdumpを取得していただき、フローにバイト数とパケット数の情報を持つフィールドが2つ設定されていないかご確認ください。
フローにバイト数とパケット数の情報を持つフィールドが2つ設定されていた場合は、NW機器側のフロー生成の不具合と考えられますのでNW機器のベンダーにお問い合わせください。