「1時間の平均bps」が「5Mbps」を超えた場合にアラートを発報させるという設定はできません。
アラート機能はプロファイルの粒度によって評価されるバッチ処理です。
1分と30秒のプロファイルのアラートは30秒ごとに評価され、5分のプロファイルのアラートは5分ごとに評価されます。

ご希望されているような設定はできませんが、アラートの設定でプロファイルに1分、もしくは30秒プロファイルを選択することで 30秒ごとに評価されますので5分プロファイルよりはリアルタイム処理に近い動作になります。 ※1分プロファイルや30秒プロファイルは多くのファイルが作成されるため5分プロファイルより容量を使用します。
※30秒と1分粒度のシャドウプロファイルをアラートに設定する場合、その親プロファイルの粒度も30秒もしくは1分である必要があります。 　詳細はFlowmon GUI画面右上の？マークから参照できるユーザーガイドの5.Flowmon Monitoring Center>5.9 アラート の「シャドウプロファイルに基づくアラート」を確認してください。