LEDの色（オレンジ色に点灯）は、Flowmonの最大である1000MbpsではLinkUpしていないことを表しています。
Flowmonコレクタには10/100/1000 Mbpsの管理ポートが搭載されていますので、
10Mbps、もしくは100Mbpsで接続されているということになります。

デフォルトでは1000Mbps/fullで設定されていますが、Configuration Center>システム＞システム設定＞管理インターフェース1にて 速度を10Mbpsや100Mbpsに変更はされていませんでしょうか。
設定されている速度は、Configuration Center>概要>ネットワークインターフェース の「速度」でご確認いただけます。
もし10Mbpsや100Mbpsに変更されている場合は、最大の1000MbpsではないのでLEDがオレンジ色に点灯します。