利用されているFortigate機器がsFlow／Netflowの生成に対応している場合、且つ、Fortigate機器が生成したフローがFlowmonでサポートしているフローのフィールドの場合、フローの収集が可能です。

Flowmonが対応しているフローのフィールドは英語のドキュメントとなりますが、以下を参照してください。
https://support.kemptechnologies.com/hc/en-us/articles/4405949707789-Flow-standards-specifications

※Fortigate機器の対応状況はバージョンや機種により異なりますので、詳細な情報はFortigate社にご確認ください。