リスレース後の新しいフローソースが作成するFlowの内容がリプレース前と同じか、フローソースの仕様及び設定を確認してください。
特にトラフィックはFlowの「バイト」フィールドを使用しますが、Netflow9の仕様では以下の二つのIDがバイトの転送用に定義されています。

ID 1 （octetDeltaCount） ・・・ Flowmon対応
ID 352 （layer2OctetDeltaCount） ・・・ Flowmon非対応

ID 352のlayer2OctetDeltaCount　についてはVer12.1現在、Flowmonは対応していませんので、
ID 1 octetDeltaCount を使用してFlowを生成するようにフローソース側が設定されているか、ご確認ください。