Flowmonをデプロイした直後には重くなる場合もありますので、その原因でシステム負荷の値が100%となる可能性があります。

Hyper-V上にlowmonをデプロイすると、CPUはデフォルトでは1個のみ割り当てられます。
デフォルトのままで使用されている場合、システム負荷の値が100%となります。
Flowmon仮想アプライアンスをデプロイする時は各モデルの最小構成に従って各リソースをHyper-Vから割り当てる必要があります。
最小構成はスペックシートを確認してください。