フローソースをリプレースした場合でも、IPアドレスが同一であれば、同一ソースとして認識されます。
作成済みのプロファイルは、プロファイル作成時に、インターフェース単位でフィルタをかけている場合、グラフが継続されない可能性があります。
これはフローソース側のifindex情報が変わってしまう可能性がある為です。
その場合は、プロファイルのフィルタに対して、ifindex情報の変更を反映する必要があります。
なお、FlowmonにSNMPを用いてインターフェース情報を取得する設定をしていてもプロファイルには自動反映されませんのでご注意ください。