フィルタを指定することで対応できます。方法は2つあります。

１つは入力インターフェースの情報（GigabitEthernetx/xなど）を使う方法です。
１つはインターフェースのindex番号を使う方法です。

１．入力インターフェースの情報を使う方法。

Flowmonからネットワーク機器に対してSNMPを用いてインターフェースの情報を取得している場合には以下のような構文にてフィルタが可能です。

方向指定がない場合の例
sourceport "xxx.xxx.xxx.xxx (機器名)":" GigabitEthernetx/x"

方向を指定する場合
inの例：in sourceport "xxx.xxx.xxx.xxx (機器名)":"GigabitEthernetx/x"
outの例:out sourceport "xxx.xxx.xxx.xxx (機器名)":"GigabitEthernetx/x"

sourceport を記載後、スペースを入力することでリストよりソースを選択することが可能です。
さらにソースを選択後、スペースを入力することでインターフェースをリストより選択することが可能です。

２．インターフェースのindex番号を使う方法。

方向指定がない場合の例
router ip xxx.xxx.xxx.xxx and if <番号>

方向を指定する場合
inの例：router ip xxx.xxx.xxx.xxx and in if <番号>
outの例:router ip xxx.xxx.xxx.xxx and out if <番号>

xxx.xxx.xxx.xxxはフローを送ってくるネットワーク機器のIPアドレスです。

・index番号を確認する方法について

FlomownでSNMPを利用してインターフェースの情報を取得している場合には以下の手順でindex番号を確認出来ます。

Flowmon Monitoring Center>ソース>任意のソース（IPアドレス、機器名）>▼より展開した一覧の任意のポートに記載される白抜きの番号

Flowmonでインターフェースの情報を取得できない場合にはネットワーク機器側でindex番号を調べることができます。

index番号はネットワーク機器にて以下のコマンドを実行していただくことで確認が可能です。
結果から参照する番号はif index以降に続く番号です。

(Cisco社製品のコマンド例)
show snmp mib ifmib ifindex

結果の例：
GigabitEthernet2/0: Ifindex = 2

この場合のindex番号は2です。