CPUが変わっても、その変更が仮想基盤自体に影響を与えない場合、Flowmonにも影響はありません。

ただし、仮想マシンをあるプラットフォームから別のプラットフォームに移行する場合は、FlowmonのHWIDが変更される可能性があります。
FlowmonのライセンスはHWIDに紐づいていますのでHWIDが変わりますと、新しいHWID用のライセンスを再発行するまでFlowmonを利用できなくなります。