特定のフローを消してグラフデータに反映させる方法はありません。
このような場合は対数Y軸を使用することを推奨します。

対数Y軸を使用することで、異常に大きな値がある場合にも、グラフの小さな部分を適切な目盛りで表示することができます。
対数Y軸の表示方法はmonitoring center＞解析画面のグラフ右下にマウスオーバーすると表示されるズームボタンの近くに更にマウスオーバーすると表示されるオプションメニューから「対数Y軸」をチェックします。