Flowmonの標準機能ではアラートの通知時間を限定することはできません。
特定の時間帯のみ通知を受け取りたい場合はスクリプトを作成し、スクリプトの中で特定の時間帯のみメールやSMTP/syslogなどの通知を行うものを独自に作成していただくことで対応することができます。