実際にはより複雑ですが、分かりやすくする為に、細部を簡略化して説明します。

ユーザーが設定を変更する場合、
その設定は既存の設定に上書きせず、新しい設定として保存されます。
この際、一次的に新しい設定と古い設定が並行して存在する事になります。
これは、設定を上書きをする事により発生する不整合を防ぐ為の仕様です。

なお古い設定が残り続けると設定ファイルの容量が肥大化してしまうので、
定期的に古い設定を削除する処理が行われます。これは設定ファイルの作成処理とは別に行われます。
これはクリーニング処理と呼ばれます。
クリーニング処理は、毎正時から2分後に行われます。
なおクリーニング処理は、単純な削除ではない為、時間が掛かります。
また所要時間は、設定状況により異なります。

設定ファイル間にサイズの違いがでてしまう理由は、
設定を変更し、クリーニング処理が終了する前に、設定ファイルをダウンロードすると、
新しい設定と古い設定が共存している為、ファイルサイズが大きい状態になります。
この結果、クリーニング処理前後の設定ファイルと比べるとサイズに違いがでることになります。