仮想化基盤の機能を使用して直接ストレージ拡張を行った場合、Flowmonには反映されません。

Configuration Center > 概要 よりデータディスクの使用状況の合計サイズが約40GBで表示され、Configuration Center > システム > データストレージ > 内部ストレージ に40GBのストレージが存在せずに、認識されない大きなストレージが存在する場合は、仮想化基盤側でFlowmonが利用中のストレージを直接拡張した可能性が高いです。

Flowmonでは仮想化基盤 の機能を使用してデータストレージ（内部ストレージ）を拡張する動作は保証しておりません。
最悪の場合、データを損失する恐れがあるため手順書通りに新しいストレージと付け替える方法で拡張を行ってください。

なお、仮想化基盤の機能を使用して直接拡張を行った場合はアプライアンスログを取得し、開発元にて修正できるか否かを確認する必要が有ります。（修正が可能な場合は修正用のパッケージが提供されますが、別用途に再利用はしないでください。都度確認が必要となります）