Flowmonにはプロファイルの表示順番を変える機能は有りません。
表示順番を希望とおりに並べるためには、プロファイル作成時に内部名を意識して作成いただく必要があります。
既に作成済のプロファイルの表示順番を並び変えたい場合はプロファイルを作成し直していただくことになります。

Flowmonの仕様として、プロファイル名は内部名と表示上の名前（GUIで設定したプロファイル名）の2つで管理されています。
表示上の名前は内部名のABC順で表示されており、内部名は後から変更することができません。
内部名は表示上の名前を英数字6文字で設定しますと、設定した値 + 乱数にて一意になるように生成されます。
この仕様を利用し、最初にプロファイルを作成する際に、アルファベットと数字でプロファイルを作成し、 作成後に名前を変更することで任意の順に表示させることが可能となります。

作成例は以下のとおりです。

（例）
内部名　　表示上の名前
A00100　　　北海道
A00200　　　東京
A00300　　　大阪

プロファイル作成時に、上記の"内部名"のようにアルファベット＋数字でプロファイル名を作成します。
作成後に"表示上の名前"のように漢字や平仮名へ変更します。
また、後から東京と大阪の間に名古屋を追加されたい場合は、内部名A00150で作成し、名古屋に名前を変えれば順番を後からでも制御することができます。