All portsはフロー送信元の機器全体としてお考えいただくと分かり易いかと思います。

eth1のインターフェース（チャネル）から1MBの通信が入力され、eth2のチャネルから出力されるスイッチの例で説明します。
一つフローにはインプットインターフェース（eth1）およびアウトプットインターフェース（eth2）が含まれています。
Flowmonはインターフェース単位に着信通信と発信通信を解析できるようにするため、以下のようにトラフィックをカウントします。従って、１MBの通信（All ports）はinおよびoutで別々にカウントされ、合計すると２倍となります。

　eth1のinに1MBをカウント
　eth2のoutに1MBをカウント
　機器全体としてのAll portsに1MBをカウント

この結果として All portsのトラフィック量　＜　各ポートのトラフィック量の合計 となります。

なお、フロー送信元にてフローをeth1のin方向のみで作成する設定をしていたとしても、フローにはeth2に出力したことが記録されていますので、上記のようなカウントをすることができます。