いいえ、プロファイルの親チャネルを変更しても過去のグラフデータは消えません。

例えば、親チャネルAを親チャネルBに変更すると、
設定変更前は親チャネルAのデータ、設定変更後は親チャネルBのデータとなります。
この場合、変更を行った後の数分間は親チャネルAのデータと親チャネルBのデータが混在します。
また、親チャネルAが設定されているチャネルに親チャネルBを追加すると
設定変更前は親チャネルA、設定変更後は親チャネルAと親チャネルBのデータとなります。

上記より、親チャネルのデータを分けて参照したい場合は
チャネルを分けて作成することを推奨します。