SNMPとNetFlowでは以下のような差があります。
NetflowはIPおよびIPペイロードをカウントしており、パケットに含まれるMacPreamble 8Byte、MAC address 12Byte、Type 2 Bytes、Frame CheckSequence 4Byte の 合計26Byte がFlowに変換した際に除かれます。
従って 1パケットにつき26バイトの差が発生します。
ショートパケットが多い環境ではSNMPとNetFlowのグラフは差が開く傾向にあります。