ストレージを新規作成しなおす必要があります。
クォータの管理で使用しているサイズを縮小後、作り直したストレージを「Configuration Center」＞「システム」＞「データストレージ」の内部ストレージから作り直したハードディスクを選択し直し、再起動することで縮小できます。なお、再起動時に古いハードディスクの内容を新しく選択したハードディスクにコピーしてから起動されるため、データ量によって起動までに長時間を要します。
起動されるまでの間、新しいフローデータの受信は止まりますのでご注意ください。