はい。FQDNを確認するためにはFlowmonプローブを用いてL7レベルのフローを生成する必要があります。
なお、Cisco社の製品を使用している場合は、AVC機能を有効にすることにより、FQDNを取得することが可能です。設定方法の詳細についてはネットワーク機器ベンダーにご確認ください。