Flowmonのトラフィックグラフは送られてきたFlowを基に生成しています。
ネットワーク機器側のFlow生成の設定が他のシステムと同等のトラフィックの情報を生成する設定となっているかご確認ください。
また、サンプリングを行っている場合は、機器側のサンプリングの設定が正しいかご確認ください。Flowmon側でサンプリング値を固定で設定している場合は、機器のサンプリング値と同じ値を設定がされているかご確認ください。