アクティブタイムアウト値の設定によるものと考えられます。

Flow生成機のFlow生成タイミングの定義は、アクティブタイムアウトと呼ばれるパラメータで行っています。
Flowmonではアクティブタイムアウト値は300秒以内を推奨しておりますが、当パラメータが正常な値となっていない場合（30秒～300秒以内）、Flow生成タイミングとFlowmonのグラフ描画タイミングの仕組みから、極端な凹凸グラフとなります。
目安として、ご利用いただくプロファイルの粒度（5分、1分、30秒）以下になるよう調整してください。

アクティブタイムアウト値を変更いただくことで、正常なグラフ出力を行うことが可能です。