Flow収集ポイントを通過したトラフィックをFlow生成しますので、コアスイッチと末端スイッチで同じトラフィックが通る場合は、トラフィックが重複し収集されます。
そのため、コアスイッチのみでFlowを収集することが一般的です。
ただしこの場合、末端スイッチで折り返すような通信が発生した場合にはトラフィックが取得できなくなりますのでご留意ください。