1台のコレクタで管理1、管理2のインターフェースを使ってフローを収集する方法があります。
A系とB系のフローを統合して見ることも出来ますし、別々に見ることも出来ます。
また、権限の設定で、AのアカウントはA系のデータのみ、BのアカウントはB系のデータのみを閲覧させるといったこともできます。