nfcapdファイルは単なるバイナリファイルであるため、ファイルを保護する暗号化の機能はありません。
しかしFlowmonでは、nfcapdファイルの構造は、Flowmon以外の標準のnfcapdファイルと比較すると大幅に変更されているため、公開されている nfdumpツールで読み取り/アクセスすることはできません。