CPU数を変更した後、Flowmon上では読み込みする等を行う必要はありません。
Flowmon起動時に変更したCPUを自動で認識しているためです。

CPU数を変更する前にFlowmonアプライアンスをシャットダウンしてからCPU数を変更してください。
シャットダウン方法：
Configuration center>システム>システム設定>メンテナンス＞システム電源の制御の「シャットダウン」

CPU数を変更した後、Flowmonを起動してください。