Flowmonにはzabbixエージェントが組み込まれています。
以下は弊社の環境でzabbixエージェントのバージョンを確認した結果です。

[flowmon@localhost ~]$ /usr/sbin/zabbix_agentd -V
zabbix_agentd (daemon) (Zabbix) 3.0.3
Revision 60173 18 May 2016, compilation time: May 23 2016 09:02:47
以下省略