snmpwalkコマンドよりインタフェース情報を出力することはできますが、この方法では各フローソースに実施する必要がございます。
詳細な方法は以下になります。

1) FlowmonコンソールにSSHで接続します。
Tera termなどのssh端末ソフトで、Flowmon管理コンソールのIPにアクセスします。
ホスト：<FlowmonのIPアドレス>
ユーザ :flowmon
パスワード : inv3a-t3ch（初期パスワード）
※実際の設定値は、パラメータシートにてご確認ください。
コマンドpwdでログイン後のパスが/home/flowmon/であることをご確認ください。

2) 以下のコマンドを実施してください。
snmpwalk -v <使用しているSNMPバージョン> -c <Communityストリング＞ <NW機器のIPアドレス> 1.3.6.1.2.1.2.2.1.2
※設定しているSNMPバージョンやCommunityストリングなどはFlowmon Monitoring Center>ソース>任意のソース>編集にて確認できます。

例：snmpwalk -v 2c -c public 172.16.247.103 1.3.6.1.2.1.2.2.1.2

実施した結果は以下になります。
IF-MIB::ifDescr.1 = STRING: GigabitEthernet0/4
IF-MIB::ifDescr.2 = STRING: GigabitEthernet0/5
IF-MIB::ifDescr.3 = STRING: GigabitEthernet0/0
上記のコマンドの末尾に > ファイル名.txt を付けると、テキストファイルとして結果が保存されます。
例：snmpwalk -v 2c -c public 172.16.247.103 1.3.6.1.2.1.2.2.1.2 > 103interface.txt

コマンドラインからファイルをダウンロードする方法：
WinSCP等のsshコピー(SCP)機能を持ったソフトウェアで 管理コンソールにアクセスして、ファイル名.txtをダウンロードしてください。
パスは/home/flowmonです。