IPアドレス0.0.0.0とSNMP設定には関係ありません。
理由はSNMPはFlowmonを操作運用する上で便利にする機能を提供するために使っているものであり、Flowの受信や解析には影響ないためです。

また、IPアドレス0.0.0.0とは無効または不明なターゲットを記述するルーティング不可能なアドレスであり、IPアドレスがFlowに記録されないプロトコルやポート等が取得される可能性があると考えられます。
例として以下のようなプロトコルなどがございますと、IP0.0.0.0が表示されます。
UDP 67/68・・・DHCP
IGMP・・・マルチキャスト
ARP

IPアドレスが0.0.0.0になる通信やプロトコル番号0の通信を実際にされていないか、NW機器の設定に不足がないか、生成したフローに不具合が無いか、ご利用しているNW機器のサポートにご確認ください。